Настройку можно сделать для каждого способа доставки в разделе "Настройки - Варианты доставки".
Пройдите в необходимый вам способ доставки и поставьте галочку:
"Бесплатная доставка, если в заказе есть товар с бесплатной доставкой".
После активации данной галочки, расчёт суммы за доставку будет равен нулю, т.е. опция "Бесплатная доставка" будет распространена на весь заказ.
Если данная галочка не активна, то сумма заказа за доставку будет бесплатной, при условии если в состав заказа вошли только товары с бесплатной доставкой, но если в состав заказа вошли товар / товары с платной доставкой, то сумма за доставку будет рассчитываться только за товары с платной доставкой, при этом сумма за доставку товаров с бесплатной доставкой не будут входить в сумму стоимости за доставку заказа.